历经半个世纪的建设与发展，我院学科建设取得了长足的发展，现有临床医学、基础医学、药学三个省级重点学科， 临床医学学科进入ESI全球前1%；学院拥有医学生物信息学二级学科博士点、基础医学、药学二个一级学位硕士点、生物学二级硕士点和一个药学专业学位硕士点。学院建成有河南省微生态与食管癌防治重点实验室、河南省肝病防治工程技术研究中心、河南省微纳材料与肿瘤精准诊疗工程研究中心、河南省血栓与止血国际联合实验室等6个省级科研平台；并成功创刊出版《食管疾病》杂志。这一切都为我院的良性快速发展注入新鲜的血液。
学科建设是学院的重点工作，一方面要建立高水平的学科研究基地，一方面要建设高水平的创新人才培养基地。学院学科建设的思路是：紧密结合我国尤其是河南省经济社会发展对医学发展的需求，树立医教协同观念、瞄准学科前沿、结合经济建设、提高整体水平、形成特色优势。在学科发展上注重正确处理好三个关系：一是紧扣学科发展前沿与服务区域经济建设两者之间的关系；二是开拓生物医学研究领域与学科现有基础及条件两者之间的关系；三是学科整体水平的提高与形成特色优势两者之间的关系。
在把学校建设成为“省内一流，国内知名“的综合性大学进程中，学院的学科建设面临新的机遇和挑战。学院将以崭新的姿态，构筑高水平、跨学科的科技创新平台，不断提高教学质量、科研水平和办学效益。